Der Haubenpinguin zählt entsprechend den gelben Kopffedern zur Gattung der Schopfpinguine, obgleich diese bei ihm oft deutlich geringer ausfallen als bei seinen nächsten Verwandten. In seinem Äußeren weist er insgesamt eine große Ähnlichkeit mit dem Goldschopfpinguin auf, wodurch er diesem früher auch als Unterart zugeordnet wurde. Heute gilt er mittlerweile als eigene Art.
Mit einer Körperlänge von 65 bis 75 Zentimetern gilt der Haubenpinguin gemeinsam mit dem Goldschopfpinguin als die größte Art innerhalb aller Schopfpinguine.
Bei ihm tritt genau dasselbe Phänomen bezogen auf das Gewicht auf, wie bei allen anderen Pinguinarten. Während sie durchschnittlich zwischen drei bis acht Kilogramm wiegen, ist ihr Gewicht unmittelbar vor der Mauser tendenziell am höchsten. Direkt danach sind sie am leichtesten. Allerdings wurde das Gewichtsminimum bei Weibchen auch direkt nach der Aufzucht der Jungvögel festgestellt. Ihr Gefieder zeigt darüber hinaus keine auffälligen Schwankungen während der einzelnen Jahreszeiten.
Auffällig ist einzig der Geschlechtsdimorphismus, der bei diesen Pinguinen vorherrscht. So sind die Männchen tendenziell etwas schwerer als die Weibchen und auch etwas größer.
Die Jungvögel können wie bei vielen anderen Pinguinarten anhand von ihrem Gefieder von den erwachsenen Tieren unterschieden werden, sofern sie noch nicht älter als zwei Jahre sind. Erst zu diesem Zeitpunkt wird ihr bis dahin graues Gefieder deutlich dunkler. An der Vorderseite vom Gesicht abwärts sind sie mit weißen Federn übersät, die Augen leuchten stechend rot.
Verbreitet ist diese Pinguinart in den subantarktischen Inseln im australischen Bereich. Dazu zählen die Macquarieinsel, sowie sämtliche benachbarten Landabschnitte. Dort liegt außerdem das Brutareal, in dem sie sich während der Zeit ihrer Fortpflanzung aufhalten. Sobald diese Zeitspanne vorüber ist, begeben sie sich woanders hin. Ihr zweites Verbreitungsgebiet ist allerdings nicht genau bekannt, da man über den Haubenpinguin im Vergleich zu anderen Schopfpinguinen noch vergleichsweise wenig weiß. Man geht allerdings davon aus, dass sie sich dann vorwiegend in den subantarktischen Gewässern rund um die Nähe dieser Inseln aufhalten. Nur Haubenpinguine, die sich verirrt haben, konnte man bislang an der Küste Australiens und Neuseelands entdecken.
In der Regel fressen Haubenpinguine verschiedene Krustentiere, wobei sie hier am häufigsten auf Krill, Laternenfische oder kleinere Krebstiere setzen.
Von Ende September bis Anfang Oktober beginnen sich die Haubenpinguine in ihre Brutkolonien zurückzuziehen. Gewöhnlich umfassen diese Kolonien zwischen 75.000 und 160.000 Paare, womit sie überdurchschnittlich groß sind. Gelegt werden wie bei allen anderen Schopfpinguinen auch zwei Eier, die im Abstand von wenigen Tagen ins Nest verfrachtet werden. Anschließend beginnt die Brut, die eine Länge von 35 Tagen und in drei Phasen unterteilt ist. Dabei wechseln sich in der ersten Phase die beiden Elternvögel häufig ab, in der zweiten brütet nur das Weibchen und in der Dritten nur das Männchen. Der jeweils nicht brütende Pinguin ist in dieser Zeit auf der Suche nach Nahrung. Sobald die Vögel ein Alter von ungefähr zwei Monaten erreicht haben, werden sie flügge und dadurch dann auch nicht mehr von ihren Eltern gefüttert.