Die Seescheide hat einen Schlauchförmigen Körper, der eine seitliche schlauchförmige Öffnung aufweist (Ausström-Öffnung). Diese Körperformen werden als sessile Manteltiere bezeichnet. Die Körperhülle ist stark elastisch und je nach Verbreitungsgebiet durch Farbpigmente gefärbt. Auch durchsichtig transparent ist häufig vertreten. Die am meisten auftretenden Farben sind intensives rotbraun, gelb Orange und blau. Die Größe der Seescheiden variiert von wenigen Millimetern bis 33 cm. Nur wenige Millimeter-Größe erreichen die Arten des Sandlückensystems (Mesopsammon). Die Molgula gigantea ist die größte Art. Sie wird 33 Zentimeter lang. Die Seescheide bildet teilweise Kolonien, die enorme Ausmaße annehmen kann.
Die Seescheide in ihren unterschiedlichsten äußeren Erscheinungen, ist mit rund 3.000 Spezies in allen Meeren vom Schelf bis in den Abyss, die Tiefsee vertreten. Damit sind sie die artenreichste Gruppe der Manteltiere. In Deutschland, im Meeresgebiet um Helgoland sind 24 Arten beheimatet. Davon ist eine Art weltweit zu finden. Im Mittelmeer, auf den Corallinaceenböden, stellen Seescheiden mehr als die Hälfte aller sessilen Arten. Vor allem die Vertreter der Gattung Microcosmos sind sehr häufig vertreten.
Der überwiegende Teil der Seescheiden sind Filtrierer. Als Nahrungsstrudler wird das Wasser über eine Einströmöffnung in den Darm (Kiemendarm)gesaugt. Der Kiemendarm ist ein spezielles Organ, das die Nahrung herausfiltert. Alle Teilchen im Wasser die größer als 1 μm sind, bleiben darin hängen. Das filtrierte Wasser wird dann über die Ausström-Öffnung wieder ausgestoßen. Über den Kiemendarm werden auch Stoffwechselendprodukte ausgeschieden. Der Kiemendarm ist ein hochentwickeltes Organ mit tausenden Kiemenspalten.
In der Umgebung der Insel Tasmanien wurde 2009 eine Art gefunden, die in 4000 m tiefe lebt, und sich von kleinen Fischen ernährt. Diese Fische werden im Inneren der Seescheide gefangen, mit einem Mechanismus der ähnlich wie bei der Venusfliegenfalle funktioniert.
Seescheiden können sich sowohl ungeschlechtlich wie auch geschlechtlich Fortpflanzen, es sind simultane Hermaphroditen. Die ungeschlechtliche Fortpflanzung erfolgt über Knospenbildung. Seescheiden haben auch die Fähigkeit zur Regeneration und damit die Fähigkeit zur vegetativen Fortpflanzung.
Die geschlechtliche Fortpflanzung, Seescheiden sind Zwitter. Bei der geschlechtlichen Fortpflanzung entstehen geschwärzte Larven, die nach kurzer Lebensdauer und komplexen Umbauvorgängen sich zu festsitzenden Seescheiden entwickeln. Einzelteile schließen sich eng zusammen und bilden Kolonien.